Outils et services développés localement pour améliorer ou faciliter l'utilisation de HAL : Différence entre versions

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== Outils facilitant le dépôt des publications dans HAL ==
 
== Outils facilitant le dépôt des publications dans HAL ==
  
* '''Bib2HAL''' : application web qui permet de déposer un lot de publications dans HAL à partir d’un fichier BibTeX. Pour l’utiliser, il suffit d'avoir un compte personnel HAL. L'outil vous facilite le dépôt : en proposant les affiliations des auteurs à partir de celles existant dans HAL, en complétant certaines métadonnées manquantes avec des valeurs par défaut (Ex: x-audience, abstract, ...), en complétant certaines métadonnées manquantes à partir des référentiels. <br>Documentation : https://hal.archives-ouvertes.fr/section/imports-bib2hal<br>Lien : https://bib2hal.inria.fr/homepage (accès via compte personnel HAL)
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* '''[http://perso.ens-lyon.fr/martin.verot/HAL.php mHALoDOI]''' : une petite série de scripts (javascript) pour vérifier qu'une liste de DOI a bien des notices correspondantes déposées dans HAL avec la bonne affiliation. Plutôt qu'un outil unique avec beaucoup de paramètres, l'accent a été mis sur le fait d'avoir des étapes les plus simples possibles : récupérer les DOI puis chercher les publications sur HAL. Il y a également une option pour vérifier si [http://perso.ens-lyon.fr/martin.verot/DOI_orcid.php des publications ORCID sont sur HAL] ou [http://perso.ens-lyon.fr/martin.verot/HAL_findDOI.php trouver des DOI à partir d'une liste de titres].
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:- Un tutoriel vidéo pour expliquer comment utiliser les scripts : https://www.youtube.com/watch?v=_3gjglWNoj8&list=PL_rdrSitJev4QqAUM25x3Nguw8UuBJeOG
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* '''X2HAL''' : application web qui permet de déposer un lot de publications dans HAL à partir d’un fichier TEI ou BibTeX. Pour l’utiliser, il suffit d'avoir un compte personnel HAL. L'outil vous facilite le dépôt : en proposant les affiliations des auteurs à partir de celles existant dans HAL, en complétant certaines métadonnées manquantes avec des valeurs par défaut (Ex: x-audience, abstract, ...), en complétant certaines métadonnées manquantes à partir des référentiels. <br>Documentation (Bib2HAL) : https://hal.archives-ouvertes.fr/section/imports-bib2hal<br>Lien : https://x2hal.inria.fr/ (accès via compte personnel HAL)
  
 
* '''Bib2HAL et Zotero''' : certains établissements utilisent Bib2HAL couplé à [[Zotero]] pour l'alimentation rétrospective de leurs collections HAL : Zotero permet de construire des collections de documents (par labo, année, type) ; chacune de ces collections est ensuite exportée en format BibTeX, rapidement retravaillée (par exemple avec [http://assessmentlibrarian.fr/?p=2079 ce script]), puis importée dans HAL via Bib2HAL, outil qui facilite notamment le repérage des affiliations.
 
* '''Bib2HAL et Zotero''' : certains établissements utilisent Bib2HAL couplé à [[Zotero]] pour l'alimentation rétrospective de leurs collections HAL : Zotero permet de construire des collections de documents (par labo, année, type) ; chacune de ces collections est ensuite exportée en format BibTeX, rapidement retravaillée (par exemple avec [http://assessmentlibrarian.fr/?p=2079 ce script]), puis importée dans HAL via Bib2HAL, outil qui facilite notamment le repérage des affiliations.
  
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives et à valoriser le travail des chercheurs dans les laboratoires, AIGLe permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. Depuis l'interface, l'auteur peut importer des notices bibliographiques depuis PubMed, ArXiv, WoS, HAL puis après modifications éventuelles et toujours depuis l'interface de AIGLe, les "pousser" sur HAL. Il peut exporter dans de nombreux formats (Bibtex, RTF, Word ...). AIGLe peut informer les auteurs (et/ou les gestionnaires) de l'existence de notices trouvées sur WoS mais qui ne sont ni dans sa base ni sur HAL et les aider à en faire l'importation. AIGLe aide les gestionnaires de publications à détecter les doublons présents sur HAL, les erreurs d'orthographe sur les noms ou prénoms d'auteurs, les erreurs d'affectations etc ... '''AIGLe est compatible avec HAL V3''' depuis sa version 5.0.1
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives et à valoriser le travail des chercheurs dans les laboratoires, AIGLe permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. Depuis l'interface, l'auteur peut importer des notices bibliographiques depuis PubMed, ArXiv, WoS, HAL puis après modifications éventuelles et toujours depuis l'interface de AIGLe, les "pousser" sur HAL. Il peut exporter dans de nombreux formats (Bibtex, RTF, Word ...). AIGLe peut informer les auteurs (et/ou les gestionnaires) de l'existence de notices trouvées sur WoS mais qui ne sont ni dans sa base ni sur HAL et les aider à en faire l'importation. AIGLe aide les gestionnaires de publications à détecter les doublons présents sur HAL, les erreurs d'orthographe sur les noms ou prénoms d'auteurs, les erreurs d'affectations etc ... '''AIGLe est compatible avec HAL V3''' depuis sa version 5.0.1
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* '''OverHAL''' : version modifiée du programme CouvertureHAL, adaptée par Olivier Troccaz et Laurent Jonchère (Université de Rennes 1). OverHAL permet de comparer HAL et des listes de publications (WoS, Scopus, Zotero, Pubmed, etc.). Objectifs : identifier les publications absentes de HAL, créer un fichier TEI adapté à X2HAL, générer des emails de demande de post-prints aux auteurs correspondants.
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:- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.php https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.php]
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:- Manuel d'utilisation(PDF) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/Manuel-OverHAL.pdf https://halur1.univ-rennes1.fr/Manuel-OverHAL.pdf]
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:- Présentation OverHAL mailing (PDF) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL-mailing.pdf Présentation CasuHAL mars 2019]
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:- Plateformes utilisées pour la "veille post-print" (PDF) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL-liste-plateformes-editeurs.pdf Liste des plateformes éditeurs]
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:- Télécharger le fichier et la procédure d'installation (format compressé) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.7z https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.7z]
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* '''HAL imports''' : permet d'importer automatiquement dans HAL les métadonnées des publications Scopus, puis d'envoyer aux auteurs des mails les incitant à ajouter le texte intégral de leur article, conformément à la loi pour une république numérique. Voir code python et documentation : [https://github.com/ml4rrieu/HAL_imports github.com/ml4rrieu/HAL_imports]
  
 
== Services et outils basés sur une réutilisation des dépôts HAL ==
 
== Services et outils basés sur une réutilisation des dépôts HAL ==
 
=== Pages web dynamiques alimentées par les dépôts HAL ===  
 
=== Pages web dynamiques alimentées par les dépôts HAL ===  
 
Il existe plusieurs outils plus ou moins élaborés permettant d’alimenter automatiquement la page web « publications » d’un laboratoire ou d’une équipe de recherche, à partir des dépôts dans HAL :
 
Il existe plusieurs outils plus ou moins élaborés permettant d’alimenter automatiquement la page web « publications » d’un laboratoire ou d’une équipe de recherche, à partir des dépôts dans HAL :
* [https://haltools.archives-ouvertes.fr/ HALtools] : outil développé par Inria qui permet de créer une page web de publications associée à un auteur, une équipe, un labo, une collection, un projet ... Solution iframe ou PHP adaptée à tous les CMS. Documentation : http://seism.inria.fr/hal/aide/spip.php?rubrique59&lang=fr
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* [https://haltools.archives-ouvertes.fr/ HALtools] : outil développé par Inria qui permet de créer une page web de publications associée à un auteur, une équipe, un labo, une collection, un projet ... Solution iframe ou PHP adaptée à tous les CMS. Documentation : https://iww.inria.fr/hal/aide/spip.php%3Frubrique59&lang=fr.html
 
* Université Grenoble Alpes : Utiliser le service "Créer sa page web" pour intégrer proprement le résultat dans un site web via un plugin ou module adapté au CMS utilisé. Disponible pour Drupal, SPIP, Joomla, TYPO3. En projet, un module pour le CMS KSup. Documentés sur GitHub: https://github.com/Saga-UGA
 
* Université Grenoble Alpes : Utiliser le service "Créer sa page web" pour intégrer proprement le résultat dans un site web via un plugin ou module adapté au CMS utilisé. Disponible pour Drupal, SPIP, Joomla, TYPO3. En projet, un module pour le CMS KSup. Documentés sur GitHub: https://github.com/Saga-UGA
 
* LOMA UMR CNRS 5798 : page web de la collection HAL intégrée dans la page du site web de l’unité au moyen d’une iframe. <br />Lien : https://www.loma.cnrs.fr/production-scientifique/  
 
* LOMA UMR CNRS 5798 : page web de la collection HAL intégrée dans la page du site web de l’unité au moyen d’une iframe. <br />Lien : https://www.loma.cnrs.fr/production-scientifique/  
* L’Université de Rennes 1 propose un service similaire, avec des fonctionnalités supplémentaires : moteur de recherche intégré, affichage et export des données au format bibliographique (CSV, RTF), pagination (10 références par page), demande de tiré à part (reprint request), mode affichage labo ou chercheur. Le service fonctionne à partir d’un script PHP mis au point par Olivier Troccaz, ingénieur informaticien à l'OSUR. Exemple : http://www.scienceschimiques.univ-rennes1.fr/equipes/csm/Publications/<br />- Script PHP : télécharger le [https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/Publis-HAL-SCD.php script] (dernière mise à jour : 02/11/2015) Pensez à bien modifier les paramètres serveur<br />- Télécharger la [https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/Publis-HAL-SCD-parametres.doc liste des champs] pour intégration de l'URL dans un iframe<br />Pour tout renseignement, contacter [http://annuaire.univ-rennes1.fr/cvv.asp?nom=Jonchere&prenom=Laurent Laurent Jonchère]
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* L’Université de Rennes 1 propose un service similaire, avec des fonctionnalités supplémentaires : moteur de recherche intégré, affichage et export des données au format bibliographique (CSV, RTF), pagination (10 références par page), demande de tiré à part (reprint request), mode affichage labo ou chercheur. Le service fonctionne à partir d’un script PHP mis au point par Olivier Troccaz, ingénieur informaticien à l'OSUR. Exemple : https://micmac.univ-rennes1.fr/nos-publications<br />- Script PHP : télécharger la [https://halur1.univ-rennes1.fr/Publis-HAL-SCD.7z dernière version du script] Pensez à bien modifier les paramètres serveur<br />- Télécharger la [https://halur1.univ-rennes1.fr/Publis-HAL-SCD - Liste des paramètres du script PHP HALv3.doc liste des champs] pour intégration de l'URL dans un iframe<br />Pour tout renseignement, contacter [http://annuaire.univ-rennes1.fr/cvv.asp?nom=Jonchere&prenom=Laurent Laurent Jonchère]
 
* [http://aigle.sf.net AIGLe] : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, AIGLe permet, entre autre, la '''valorisation''' des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. AIGLe est fourni avec un plugin SPIP, un plugin FastBoil, un composant Joomla, une solution Iframe et un site Web minimaliste. Ces outils permettant d'afficher, dans presque n'importe quelle configuration de site web, la liste des publications produites par les auteurs du laboratoire, les pages web professionnelles des chercheurs incluant la liste de leur publications, les prochains séminaires/colloquiums, les congrès/workshops, un annuaire, un trombinoscope etc... AIGLe utilise MathJax pour le rendu des titres et des résumés de publication.
 
* [http://aigle.sf.net AIGLe] : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, AIGLe permet, entre autre, la '''valorisation''' des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. AIGLe est fourni avec un plugin SPIP, un plugin FastBoil, un composant Joomla, une solution Iframe et un site Web minimaliste. Ces outils permettant d'afficher, dans presque n'importe quelle configuration de site web, la liste des publications produites par les auteurs du laboratoire, les pages web professionnelles des chercheurs incluant la liste de leur publications, les prochains séminaires/colloquiums, les congrès/workshops, un annuaire, un trombinoscope etc... AIGLe utilise MathJax pour le rendu des titres et des résumés de publication.
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* [http://spirhal.murloc.fr/ SpirHAL] (dans KSup): Le connecteur SpirHAL (disponible en open source) permet d’afficher automatiquement et de manière dynamique les documents d’un chercheur déposés sur HAL (avec texte intégral) directement sur sa page individuelle sur le site web du laboratoire et en affichant le style bibliographique utilisé par le laboratoire. L’interface d’administration [http://spirhal.univ-tlse2.fr spirhal.univ-tlse2.fr] permet également au chercheur de vérifier la complétude des métadonnées de ses dépôts dans HAL. [https://clle.univ-tlse2.fr/accueil/navigation/actualites/annuaire/lydia-mai-ho-dac--53145.kjsp?RH=1538405075995#/ Exemple]. (contact : Françoise Gouzi, Université Toulouse - Jean Jaurès, projet développé par Fabien Amarger, [https://framagit.org/Murloc6/Spirhal documentation]). [https://www.univ-tlse2.fr/accueil/navigation/recherche/information-scientifique-et-technique/groupe-de-travail-science-ouverte-gtso-ut2j-519621.kjsp?RH=1370426903643 En savoir plus].
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* [https://doc.archives-ouvertes.fr/afficher-une-liste-de-publications-dans-wordpress/  Plugin HAL (dans WordPress)] : permet d’afficher les publications (d’un auteur, d’une structure de recherche, d’un projet ANR ou européen, d’une collection) dans une page WordPress.
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:- Soit en ajoutant un widget pour afficher les dernières publications,
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:- Soit en créant une page wordpress.
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* [https://monlabo.org Plugin MonLabo (dans WordPress)] : permet d'afficher les publications, contenues dans HAL ou une autre source, (d'un auteur, d'une structure, d'un projet, d'une équipe) et l'enrichissement des pages des publis par des informations supplémentaires facilement réutilisables (évite les ressaisies). "Le plugin génère et met à jour automatiquement, en totalité ou en partie, nombre de pages web (pages de membres, d’équipes, listes, organigrammes ou tableaux de membres). Le plugin permet en outre d’intégrer automatiquement les publications issues d’une base extérieure pour une mise à jour centralisée. "
  
 
=== Visualisation d'informations extraites de HAL ===
 
=== Visualisation d'informations extraites de HAL ===
 
* [https://github.com/anHALytics AnHALytics] est une plateforme d'analyse de contenu des publications de HAL (moissonage, extraction des métadonnées du texte intégral, analyse sémantique de contenu, normalisation des entités de la recherche : auteurs, affiliations et publications) : [http://traces1.saclay.inria.fr/anHALytics/search/ démo].
 
* [https://github.com/anHALytics AnHALytics] est une plateforme d'analyse de contenu des publications de HAL (moissonage, extraction des métadonnées du texte intégral, analyse sémantique de contenu, normalisation des entités de la recherche : auteurs, affiliations et publications) : [http://traces1.saclay.inria.fr/anHALytics/search/ démo].
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* [http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/InternationHAL.php InternationHAL] est une page web de visualisation des collaborations internationales, sous forme d'une liste des institutions internationales, rassemblées par pays, qui apparaissent comme affiliations dans une collection donnée selon la base de données de HAL.
  
 
=== Extraction et mise en forme des publications ===
 
=== Extraction et mise en forme des publications ===
 
* '''ExtractionHAL''' (contact : Philippe Gambette, HAL_UPEMLV@univ-mlv.fr) : Extraction et mise en forme des publications (Université Paris-Est Marne-La-Vallée).<br />La version actuelle, basée sur l'API HAL, a été utilisée par une unité de recherche UPEM (MSME) pour récupérer un bilan bibliographique mis en forme de sa production scientifique : [http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/ExtractionHAL.php?team=MSME http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/ExtractionHAL.php?team=MSME] (il est possible de remplacer le "MSME" final par le code d'une autre collection). Elle se présente sous forme d'un fichier PHP qui est donc modifiable pour adapter la mise en forme. Evolutions prévues : soulignement des auteurs en fonction de leur affiliation.
 
* '''ExtractionHAL''' (contact : Philippe Gambette, HAL_UPEMLV@univ-mlv.fr) : Extraction et mise en forme des publications (Université Paris-Est Marne-La-Vallée).<br />La version actuelle, basée sur l'API HAL, a été utilisée par une unité de recherche UPEM (MSME) pour récupérer un bilan bibliographique mis en forme de sa production scientifique : [http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/ExtractionHAL.php?team=MSME http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/ExtractionHAL.php?team=MSME] (il est possible de remplacer le "MSME" final par le code d'une autre collection). Elle se présente sous forme d'un fichier PHP qui est donc modifiable pour adapter la mise en forme. Evolutions prévues : soulignement des auteurs en fonction de leur affiliation.
* '''ExtrHAL''' : version modifiée du programme créé par Philippe Gambette (voir entrée précédente), adaptée par Olivier Troccaz (Université de Rennes 1). L'outil propose un choix très large de types de documents (articles, ouvrages, etc.), ainsi qu'un menu permettant de personnaliser la liste. Export des données en RTF, CSV ou Bibtex. Pour utiliser l'outil dans votre établissement, installez le fichier PHP sur votre serveur et appelez le dans une page web (https://nomduserveur/ExtractionHAL.php).
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* '''ExtrHAL''' : version modifiée du programme créé par Philippe Gambette (voir entrée précédente), adaptée par Olivier Troccaz et Laurent Jonchère (Université de Rennes 1). L'outil propose un choix très large de types de documents (articles, ouvrages, etc.), ainsi qu'un menu permettant de personnaliser la liste. Export des données en RTF, CSV ou Bibtex. Pour tout renseignement, contacter [https://www.univ-rennes1.fr/interlocuteurs/laurent-jonchere Laurent Jonchère]
:- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtractionHAL.php https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtractionHAL.php]
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:- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.php https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.php]
:- Télécharger le '''fichier d'installation''' (format compressé) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.7z https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.7z]
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:- Télécharger le '''fichier d'installation''' (format compressé) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.7z https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.7z]. Voir procédure d'installation sur la page ExtrHAL.
:- Procédure d'installation (fichier texte) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/Notice_ExtrHAL.txt https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/Notice_ExtrHAL.txt]
 
: Pour ajouter les fonctionnalités de soulignement des auteurs et d'affichage des rangs HCERES et CNRS, il faut créer un fichier php pour chaque liste. A titre d'exemple, voici les fichiers créés par Rennes 1 :
 
:- Revues HCERES en économie-gestion : [https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/ExtractionHAL-rang-AERES-SHS.php https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/ExtractionHAL-rang-AERES-SHS.php]
 
:- Revues CNRS en économie-gestion : [https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/ExtractionHAL-rang-CNRS.php https://halur1.univ-rennes1.fr/installation/ExtractionHAL-rang-CNRS.php]<br />Pour tout renseignement, contacter [http://annuaire.univ-rennes1.fr/cvv.asp?nom=Jonchere&prenom=Laurent Laurent Jonchère]
 
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, [http://aigle.sf.net AIGLe] permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisées avec HAL via les WebServices. Les utilisateurs peuvent exporter des listes de publications choisies selon de multiples critères et dans divers formats (BibTex, Harvard RTF, Word, HTML etc ...).
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, [http://aigle.sf.net AIGLe] permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisées avec HAL via les WebServices. Les utilisateurs peuvent exporter des listes de publications choisies selon de multiples critères et dans divers formats (BibTex, Harvard RTF, Word, HTML etc ...).
 
* '''HALLO''' : HALLO est un programme PERL multi-plateforme développé par Yannick Parmentier, enseignant-chercheur à l’université d’Orléans. Il permet (i) d'extraire de HAL une liste de publications au format bibtex à partir d'un fichier texte contenant une (ou plusieurs) requête(s) et (ii) de convertir cette liste dans divers formats (e.g. html) au moyen de l'outil JabRef (intégré). HALLO fournit ainsi une alternative en ligne de commande à l'interface web d'interrogation de HAL.  
 
* '''HALLO''' : HALLO est un programme PERL multi-plateforme développé par Yannick Parmentier, enseignant-chercheur à l’université d’Orléans. Il permet (i) d'extraire de HAL une liste de publications au format bibtex à partir d'un fichier texte contenant une (ou plusieurs) requête(s) et (ii) de convertir cette liste dans divers formats (e.g. html) au moyen de l'outil JabRef (intégré). HALLO fournit ainsi une alternative en ligne de commande à l'interface web d'interrogation de HAL.  
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=== Contrôle bibliographique des collections HAL ===
 
=== Contrôle bibliographique des collections HAL ===
* '''OCdHAL''' (Outil de Contrôle des données de HAL) : logiciel de contrôle des données d’une collection HAL, créé par Patricia Reynier (CNRS) et Pascal Bellemain (CNRS), au laboratoire GIPSA-lab. L'application permet de consulter, modifier et synchroniser l'ensemble des articles d'une collection HAL, présentés sous la forme d'un tableau dans lequel les articles s'affichent en ligne et leurs métadonnées en colonnes. L'application est interfacée avec HAL via les protocoles Solr et SWORD. Pour plus d'information ou pour obtenir le manuel d'utilisation contacter patricia.reynier[at]gipsa-lab.grenoble-inp.fr. Pour installer le logiciel, il faut compléter un CLUF (Contrat de Licence de l'Utilisateur Final). Le manuel d'utilisation est téléchargeable une fois l'application installée. <br />En savoir plus : http://www.gipsa-lab.grenoble-inp.fr/valorisation/logiciels.php?id_valorisation=123<br />''La nouvelle version d'OCdHAL est compatible avec HALv3.''
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* '''OCdHAL''' (Outil de Contrôle des données de HAL) : logiciel de contrôle des données d’une collection HAL, créé par Patricia Reynier (CNRS) et Pascal Bellemain (CNRS), au laboratoire GIPSA-lab. L'application permet de consulter, modifier et synchroniser l'ensemble des articles d'une collection HAL, présentés sous la forme d'un tableau dans lequel les articles s'affichent en ligne et leurs métadonnées en colonnes. L'application est interfacée avec HAL via les protocoles Solr et SWORD. Pour plus d'information ou pour obtenir le manuel d'utilisation contacter patricia.reynier[at]gipsa-lab.grenoble-inp.fr. Pour installer le logiciel, il faut compléter un CLUF (Contrat de Licence de l'Utilisateur Final). Le manuel d'utilisation est téléchargeable une fois l'application installée. OCdHAL est aussi disponible en tant qu'application Web, selon les mêmes conditions.<br />En savoir plus : http://www.gipsa-lab.grenoble-inp.fr/valorisation/logiciels.php?id_valorisation=123<br />
  
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, [http://aigle.sf.net AIGLe] permet, entre autre, la valorisation des publications. Une base locale de publications (artilces et notices biblio) est synchronisée avec HAL via les WebServices. Lors des dépôts ou des synchronisations, [http://aigle.sf.net AIGLe] est capable de détecter les doublons sur HAL, les erreurs d'orthographes sur les noms ou les prénoms des auteurs du laboratoire, les erreurs d'affectation, de vérifier la conformité des codes DOI, [http://aigle.sf.net AIGLe] aide également le déposant à prendre connaissance des règles de publications édictées par l'éditeur de sa publication. Tous les auteurs du laboratoire peuvent éditer et modifier leurs publications sans avoir de compte sur HAL, les modifications étant automatiquement exportées sur HAL (en asynchrone en cas de problème sur les serveurs HAL).
 
* '''[http://aigle.sf.net AIGLe]''' : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, [http://aigle.sf.net AIGLe] permet, entre autre, la valorisation des publications. Une base locale de publications (artilces et notices biblio) est synchronisée avec HAL via les WebServices. Lors des dépôts ou des synchronisations, [http://aigle.sf.net AIGLe] est capable de détecter les doublons sur HAL, les erreurs d'orthographes sur les noms ou les prénoms des auteurs du laboratoire, les erreurs d'affectation, de vérifier la conformité des codes DOI, [http://aigle.sf.net AIGLe] aide également le déposant à prendre connaissance des règles de publications édictées par l'éditeur de sa publication. Tous les auteurs du laboratoire peuvent éditer et modifier leurs publications sans avoir de compte sur HAL, les modifications étant automatiquement exportées sur HAL (en asynchrone en cas de problème sur les serveurs HAL).
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* '''[http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/JournHAL.php JournHAL]''' : pour toute recherche d'une revue, affichage de statistiques à propos de l'audience (nationale ou internationale) de cette revue, en fonction des dépôts dans HAL d'articles de cette revue.
  
 
== Autres outils ==
 
== Autres outils ==
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* '''CouvertureHAL''' : Outil de comparaison automatique de listes de publication Scopus et HAL. Les données de Scopus sont générées à partir de l'outil d'export de Scopus, et les données de HAL proviennent d'une requête pour l'[https://api.archives-ouvertes.fr/docs API HAL] fournie par l'utilisateur. L'objectif est d'obtenir la liste des résultats de Scopus absents de HAL, pour inciter les chercheurs auteurs de ces publications à les déposer dans HAL. Programmé en PHP et disponible sous licence libre GPL : http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/CouvertureHAL/.
 
* '''CouvertureHAL''' : Outil de comparaison automatique de listes de publication Scopus et HAL. Les données de Scopus sont générées à partir de l'outil d'export de Scopus, et les données de HAL proviennent d'une requête pour l'[https://api.archives-ouvertes.fr/docs API HAL] fournie par l'utilisateur. L'objectif est d'obtenir la liste des résultats de Scopus absents de HAL, pour inciter les chercheurs auteurs de ces publications à les déposer dans HAL. Programmé en PHP et disponible sous licence libre GPL : http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/CouvertureHAL/.
  
* '''OverHAL''' : version modifiée du programme CouvertureHAL, adaptée par Olivier Troccaz (Université de Rennes 1). OverHAL permet de comparer HAL et des listes de publications (WoS, Scopus, Zotero, Pubmed, etc.). Objectifs : identifier les publications absentes de HAL, créer un fichier bibtex adapté à Bib2HAL, générer des emails de demande de post-prints aux auteurs correspondants.
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* '''StructurHAL''' (École des Ponts - Direction de la Documentation) : Macro VBA Excel pour requêter toutes les structures parentes ou filles d'une structure initiale dans AuréHAL, et visualiser leur arborescence dans draw.io. Les structures AuréHAL sont souvent doublonnées ou mal enrichies et les liens entre elles désordonnés. L'objectif est de permettre de les visualiser pour pouvoir les nettoyer, par exemple pour favoriser l'affiliation correcte des auteurs sur quelques structures validées.
:- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.php https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.php]
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:- Disponible sur GitHub : https://github.com/RomBoistel/structurHAL
:- Consulter le manuel (PDF) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/Manuel-OverHAL.pdf https://halur1.univ-rennes1.fr/Manuel-OverHAL.pdf]
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:- Télécharger le fichier et la procédure d'installation (format compressé) : [https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.7z https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.7z]
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* '''Qualité Référentiel Structure ''' : Un dashboard pour travailler sur la qualité du référentiel structure de son institution. Toutes les structures filles non valides de l'institution sont récupérées, et pour chacune de celles-ci est extrait le nombre de doc associé et la date de mise à jour. Objectif : éliminer toutes les structures non valides d'une institution : gain de visibilité pour les laboratoires, faciliter l'ajout des affiliations lors du dépôt dans Hal pour les auteurs de son institution. https://github.com/ml4rrieu/AureHalStructQual

Version actuelle datée du 21 février 2022 à 17:59

Cette page recense des outils et services développés localement pour améliorer et/ou faciliter l’utilisation de HAL :

Outils facilitant le dépôt des publications dans HAL

  • mHALoDOI : une petite série de scripts (javascript) pour vérifier qu'une liste de DOI a bien des notices correspondantes déposées dans HAL avec la bonne affiliation. Plutôt qu'un outil unique avec beaucoup de paramètres, l'accent a été mis sur le fait d'avoir des étapes les plus simples possibles : récupérer les DOI puis chercher les publications sur HAL. Il y a également une option pour vérifier si des publications ORCID sont sur HAL ou trouver des DOI à partir d'une liste de titres.
- Un tutoriel vidéo pour expliquer comment utiliser les scripts : https://www.youtube.com/watch?v=_3gjglWNoj8&list=PL_rdrSitJev4QqAUM25x3Nguw8UuBJeOG
  • X2HAL : application web qui permet de déposer un lot de publications dans HAL à partir d’un fichier TEI ou BibTeX. Pour l’utiliser, il suffit d'avoir un compte personnel HAL. L'outil vous facilite le dépôt : en proposant les affiliations des auteurs à partir de celles existant dans HAL, en complétant certaines métadonnées manquantes avec des valeurs par défaut (Ex: x-audience, abstract, ...), en complétant certaines métadonnées manquantes à partir des référentiels.
    Documentation (Bib2HAL) : https://hal.archives-ouvertes.fr/section/imports-bib2hal
    Lien : https://x2hal.inria.fr/ (accès via compte personnel HAL)
  • Bib2HAL et Zotero : certains établissements utilisent Bib2HAL couplé à Zotero pour l'alimentation rétrospective de leurs collections HAL : Zotero permet de construire des collections de documents (par labo, année, type) ; chacune de ces collections est ensuite exportée en format BibTeX, rapidement retravaillée (par exemple avec ce script), puis importée dans HAL via Bib2HAL, outil qui facilite notamment le repérage des affiliations.
  • AIGLe : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives et à valoriser le travail des chercheurs dans les laboratoires, AIGLe permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. Depuis l'interface, l'auteur peut importer des notices bibliographiques depuis PubMed, ArXiv, WoS, HAL puis après modifications éventuelles et toujours depuis l'interface de AIGLe, les "pousser" sur HAL. Il peut exporter dans de nombreux formats (Bibtex, RTF, Word ...). AIGLe peut informer les auteurs (et/ou les gestionnaires) de l'existence de notices trouvées sur WoS mais qui ne sont ni dans sa base ni sur HAL et les aider à en faire l'importation. AIGLe aide les gestionnaires de publications à détecter les doublons présents sur HAL, les erreurs d'orthographe sur les noms ou prénoms d'auteurs, les erreurs d'affectations etc ... AIGLe est compatible avec HAL V3 depuis sa version 5.0.1
  • OverHAL : version modifiée du programme CouvertureHAL, adaptée par Olivier Troccaz et Laurent Jonchère (Université de Rennes 1). OverHAL permet de comparer HAL et des listes de publications (WoS, Scopus, Zotero, Pubmed, etc.). Objectifs : identifier les publications absentes de HAL, créer un fichier TEI adapté à X2HAL, générer des emails de demande de post-prints aux auteurs correspondants.
- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.php
- Manuel d'utilisation(PDF) : https://halur1.univ-rennes1.fr/Manuel-OverHAL.pdf
- Présentation OverHAL mailing (PDF) : Présentation CasuHAL mars 2019
- Plateformes utilisées pour la "veille post-print" (PDF) : Liste des plateformes éditeurs
- Télécharger le fichier et la procédure d'installation (format compressé) : https://halur1.univ-rennes1.fr/OverHAL.7z
  • HAL imports : permet d'importer automatiquement dans HAL les métadonnées des publications Scopus, puis d'envoyer aux auteurs des mails les incitant à ajouter le texte intégral de leur article, conformément à la loi pour une république numérique. Voir code python et documentation : github.com/ml4rrieu/HAL_imports

Services et outils basés sur une réutilisation des dépôts HAL

Pages web dynamiques alimentées par les dépôts HAL

Il existe plusieurs outils plus ou moins élaborés permettant d’alimenter automatiquement la page web « publications » d’un laboratoire ou d’une équipe de recherche, à partir des dépôts dans HAL :

  • HALtools : outil développé par Inria qui permet de créer une page web de publications associée à un auteur, une équipe, un labo, une collection, un projet ... Solution iframe ou PHP adaptée à tous les CMS. Documentation : https://iww.inria.fr/hal/aide/spip.php%3Frubrique59&lang=fr.html
  • Université Grenoble Alpes : Utiliser le service "Créer sa page web" pour intégrer proprement le résultat dans un site web via un plugin ou module adapté au CMS utilisé. Disponible pour Drupal, SPIP, Joomla, TYPO3. En projet, un module pour le CMS KSup. Documentés sur GitHub: https://github.com/Saga-UGA
  • LOMA UMR CNRS 5798 : page web de la collection HAL intégrée dans la page du site web de l’unité au moyen d’une iframe.
    Lien : https://www.loma.cnrs.fr/production-scientifique/
  • L’Université de Rennes 1 propose un service similaire, avec des fonctionnalités supplémentaires : moteur de recherche intégré, affichage et export des données au format bibliographique (CSV, RTF), pagination (10 références par page), demande de tiré à part (reprint request), mode affichage labo ou chercheur. Le service fonctionne à partir d’un script PHP mis au point par Olivier Troccaz, ingénieur informaticien à l'OSUR. Exemple : https://micmac.univ-rennes1.fr/nos-publications
    - Script PHP : télécharger la dernière version du script Pensez à bien modifier les paramètres serveur
    - Télécharger la - Liste des paramètres du script PHP HALv3.doc liste des champs pour intégration de l'URL dans un iframe
    Pour tout renseignement, contacter Laurent Jonchère
  • AIGLe : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, AIGLe permet, entre autre, la valorisation des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisée avec HAL via les WebServices. AIGLe est fourni avec un plugin SPIP, un plugin FastBoil, un composant Joomla, une solution Iframe et un site Web minimaliste. Ces outils permettant d'afficher, dans presque n'importe quelle configuration de site web, la liste des publications produites par les auteurs du laboratoire, les pages web professionnelles des chercheurs incluant la liste de leur publications, les prochains séminaires/colloquiums, les congrès/workshops, un annuaire, un trombinoscope etc... AIGLe utilise MathJax pour le rendu des titres et des résumés de publication.
  • SpirHAL (dans KSup): Le connecteur SpirHAL (disponible en open source) permet d’afficher automatiquement et de manière dynamique les documents d’un chercheur déposés sur HAL (avec texte intégral) directement sur sa page individuelle sur le site web du laboratoire et en affichant le style bibliographique utilisé par le laboratoire. L’interface d’administration spirhal.univ-tlse2.fr permet également au chercheur de vérifier la complétude des métadonnées de ses dépôts dans HAL. Exemple. (contact : Françoise Gouzi, Université Toulouse - Jean Jaurès, projet développé par Fabien Amarger, documentation). En savoir plus.
  • Plugin HAL (dans WordPress) : permet d’afficher les publications (d’un auteur, d’une structure de recherche, d’un projet ANR ou européen, d’une collection) dans une page WordPress.
- Soit en ajoutant un widget pour afficher les dernières publications,
- Soit en créant une page wordpress.
  • Plugin MonLabo (dans WordPress) : permet d'afficher les publications, contenues dans HAL ou une autre source, (d'un auteur, d'une structure, d'un projet, d'une équipe) et l'enrichissement des pages des publis par des informations supplémentaires facilement réutilisables (évite les ressaisies). "Le plugin génère et met à jour automatiquement, en totalité ou en partie, nombre de pages web (pages de membres, d’équipes, listes, organigrammes ou tableaux de membres). Le plugin permet en outre d’intégrer automatiquement les publications issues d’une base extérieure pour une mise à jour centralisée. "

Visualisation d'informations extraites de HAL

  • AnHALytics est une plateforme d'analyse de contenu des publications de HAL (moissonage, extraction des métadonnées du texte intégral, analyse sémantique de contenu, normalisation des entités de la recherche : auteurs, affiliations et publications) : démo.
  • InternationHAL est une page web de visualisation des collaborations internationales, sous forme d'une liste des institutions internationales, rassemblées par pays, qui apparaissent comme affiliations dans une collection donnée selon la base de données de HAL.

Extraction et mise en forme des publications

  • ExtractionHAL (contact : Philippe Gambette, HAL_UPEMLV@univ-mlv.fr) : Extraction et mise en forme des publications (Université Paris-Est Marne-La-Vallée).
    La version actuelle, basée sur l'API HAL, a été utilisée par une unité de recherche UPEM (MSME) pour récupérer un bilan bibliographique mis en forme de sa production scientifique : http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/ExtractionHAL.php?team=MSME (il est possible de remplacer le "MSME" final par le code d'une autre collection). Elle se présente sous forme d'un fichier PHP qui est donc modifiable pour adapter la mise en forme. Evolutions prévues : soulignement des auteurs en fonction de leur affiliation.
  • ExtrHAL : version modifiée du programme créé par Philippe Gambette (voir entrée précédente), adaptée par Olivier Troccaz et Laurent Jonchère (Université de Rennes 1). L'outil propose un choix très large de types de documents (articles, ouvrages, etc.), ainsi qu'un menu permettant de personnaliser la liste. Export des données en RTF, CSV ou Bibtex. Pour tout renseignement, contacter Laurent Jonchère
- Exemple d'application (Univ. de Rennes 1) : https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.php
- Télécharger le fichier d'installation (format compressé) : https://halur1.univ-rennes1.fr/ExtrHAL.7z. Voir procédure d'installation sur la page ExtrHAL.
  • AIGLe : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, AIGLe permet, entre autre, la gestion des publications. Une base locale alimentée localement mais également automatiquement depuis HAL et contenant l'ensemble des publications des chercheurs du laboratoire est synchronisées avec HAL via les WebServices. Les utilisateurs peuvent exporter des listes de publications choisies selon de multiples critères et dans divers formats (BibTex, Harvard RTF, Word, HTML etc ...).
  • HALLO : HALLO est un programme PERL multi-plateforme développé par Yannick Parmentier, enseignant-chercheur à l’université d’Orléans. Il permet (i) d'extraire de HAL une liste de publications au format bibtex à partir d'un fichier texte contenant une (ou plusieurs) requête(s) et (ii) de convertir cette liste dans divers formats (e.g. html) au moyen de l'outil JabRef (intégré). HALLO fournit ainsi une alternative en ligne de commande à l'interface web d'interrogation de HAL.
- Un exemple de page produite par HALLO est disponible à l'adresse suivante : http://www.univ-orleans.fr/lifo/publications.php.
- Pour plus d'informations : http://www.univ-orleans.fr/lifo/membres/Yannick.Parmentier/hallo.html.
  • Widget d'export/téléchargement du CV HAL : à télécharger ici, et à insérer comme widget personnalisé dans le CV HAL, explications en début de fichier.

Contrôle bibliographique des collections HAL

  • OCdHAL (Outil de Contrôle des données de HAL) : logiciel de contrôle des données d’une collection HAL, créé par Patricia Reynier (CNRS) et Pascal Bellemain (CNRS), au laboratoire GIPSA-lab. L'application permet de consulter, modifier et synchroniser l'ensemble des articles d'une collection HAL, présentés sous la forme d'un tableau dans lequel les articles s'affichent en ligne et leurs métadonnées en colonnes. L'application est interfacée avec HAL via les protocoles Solr et SWORD. Pour plus d'information ou pour obtenir le manuel d'utilisation contacter patricia.reynier[at]gipsa-lab.grenoble-inp.fr. Pour installer le logiciel, il faut compléter un CLUF (Contrat de Licence de l'Utilisateur Final). Le manuel d'utilisation est téléchargeable une fois l'application installée. OCdHAL est aussi disponible en tant qu'application Web, selon les mêmes conditions.
    En savoir plus : http://www.gipsa-lab.grenoble-inp.fr/valorisation/logiciels.php?id_valorisation=123
  • AIGLe : Application web collaborative destinée à faciliter les tâches administratives, AIGLe permet, entre autre, la valorisation des publications. Une base locale de publications (artilces et notices biblio) est synchronisée avec HAL via les WebServices. Lors des dépôts ou des synchronisations, AIGLe est capable de détecter les doublons sur HAL, les erreurs d'orthographes sur les noms ou les prénoms des auteurs du laboratoire, les erreurs d'affectation, de vérifier la conformité des codes DOI, AIGLe aide également le déposant à prendre connaissance des règles de publications édictées par l'éditeur de sa publication. Tous les auteurs du laboratoire peuvent éditer et modifier leurs publications sans avoir de compte sur HAL, les modifications étant automatiquement exportées sur HAL (en asynchrone en cas de problème sur les serveurs HAL).
  • JournHAL : pour toute recherche d'une revue, affichage de statistiques à propos de l'audience (nationale ou internationale) de cette revue, en fonction des dépôts dans HAL d'articles de cette revue.

Autres outils

Outil de bibliométrie pour la création de listes et le comptage des publications, afin d’obtenir un état actualisé de la production scientifique du laboratoire. C'est une application web écrite en python et javascript. Elle utilise le framework web2py, la librairie javascript Ext JS pour l'interface utilisateur et MathJax pour le rendu des équations. La base de données interne est constituée par moissonnage des métadonnées (bases bibliographiques du CERN et Inspire HEP) et par saisie manuelle. C'est une application générique qui pourrait être utilisée par d'autres institutions. Actuellement elle est en cours de développement dans les laboratoires de l'IN2P3.

     CPPM / CNRS — Aix-Marseille Université / contact : doc@cppm.in2p3.fr 
  • IPAG (Institut de Planétologie et d’Astrophysique de Grenoble) : base de données des publications du laboratoire, alimentée par moissonnage de bases externes, dont les références peuvent être validées, corrigées et enrichies par les auteurs eux-mêmes : http://publi-ipag.osug.fr. La base a été conçue pour faciliter la production des rapports et alimenter la page web « publications » de l’unité. Il est prévu d’adapter l’outil pour compléter le référencement bibliographique de la collection HAL du laboratoire : http://hal-insu.archives-ouvertes.fr/IPAG
  • Publesia (LESIA - Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique, département de l'Observatoire de Paris) : outil de contrôle de publications, permettant le recensement des publications de l'Observatoire de Paris par les publiants eux-mêmes. L’objectif est de simplifier la saisie par les chercheurs, avec aide à la gestion des affiliations (imports depuis fichiers BibTex et bases bibliographiques : ADS, WOS, HAL…). L’application propose une fonctionnalité d’export des données pour les rapports (RTF), les publiants (BibTeX, EndNote), l’analyse (CSV). Les développements à venir porteront sur l'export vers HAL des notices, du texte intégral (HAL v3). Ce logiciel a été développé au sein du LESIA par Florence Henry et des développements ont été réalisés en partenariat avec l'ESPCI afin de l'étendre à l'ensemble des départements de l'Observatoire de Paris et à l'ESPCI. F. Henry déposera les sources sur Renater quand les développements en cours seront jugés suffisants.
    Affichage des publications via Publesia : http://www.lesia.obspm.fr/-Catalogue-Publesia-.html
  • CouvertureHAL : Outil de comparaison automatique de listes de publication Scopus et HAL. Les données de Scopus sont générées à partir de l'outil d'export de Scopus, et les données de HAL proviennent d'une requête pour l'API HAL fournie par l'utilisateur. L'objectif est d'obtenir la liste des résultats de Scopus absents de HAL, pour inciter les chercheurs auteurs de ces publications à les déposer dans HAL. Programmé en PHP et disponible sous licence libre GPL : http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/ExtractionHAL/CouvertureHAL/.
  • StructurHAL (École des Ponts - Direction de la Documentation) : Macro VBA Excel pour requêter toutes les structures parentes ou filles d'une structure initiale dans AuréHAL, et visualiser leur arborescence dans draw.io. Les structures AuréHAL sont souvent doublonnées ou mal enrichies et les liens entre elles désordonnés. L'objectif est de permettre de les visualiser pour pouvoir les nettoyer, par exemple pour favoriser l'affiliation correcte des auteurs sur quelques structures validées.
- Disponible sur GitHub : https://github.com/RomBoistel/structurHAL
  • Qualité Référentiel Structure  : Un dashboard pour travailler sur la qualité du référentiel structure de son institution. Toutes les structures filles non valides de l'institution sont récupérées, et pour chacune de celles-ci est extrait le nombre de doc associé et la date de mise à jour. Objectif : éliminer toutes les structures non valides d'une institution : gain de visibilité pour les laboratoires, faciliter l'ajout des affiliations lors du dépôt dans Hal pour les auteurs de son institution. https://github.com/ml4rrieu/AureHalStructQual